万方查重系统支持的文件格式非常丰富，包括但不限于doc、docx、pdf、txt、ppt、pptx、xls、xlsx等常见的办公文档格式。此外，万方查重系统还支持rar、zip等压缩文件格式，以及jpg、png等图片格式。用户可以根据自己的需求选择合适的文件格式进行查重操作。

除了常见的文档格式外，万方查重系统还支持一些特殊格式的文件，比如html、xml等网页代码格式，以及epub、mobi等电子书格式。这些文件格式的支持使得用户能够更加方便地对不同类型的文档进行查重比对，保障文本的原创性和学术诚信。