万方查重系统排除引用重复的方法主要包括：1.检测引用部分：系统会识别文献中的引用部分，包括引用的文献、作者、年份等信息；2.比对引用内容：系统会将引用内容与已有数据库进行比对，查找是否存在重复引用；3.去重处理：对于重复引用的部分，系统会进行去重处理，保证文献的独立性和原创性。

另外，万方查重系统还会通过技术手段，如文本相似度计算、关键词匹配等方法，提高引用重复检测的准确性和效率。用户在使用万方查重系统时，可以根据系统提供的检测结果，对文献进行进一步的修改和优化，确保文献质量和学术水平。总的来说，万方查重系统如何排除引用重复，是通过系统化的比对和处理方法，保障文献的学术可信度和原创性。