要优化万方查重系统论文比对速度，首先可以考虑升级硬件设备，如提高服务器性能、增加内存等。其次，优化算法和程序代码，减少冗余操作，提高检索效率。另外，合理设置查重参数，缩小比对范围，也可以提高比对速度。此外，定期清理系统缓存，保持系统运行的稳定性和速度。

另外，对于万方查重系统，还可以通过合理规划系统架构，采用分布式计算等技术手段，提高系统的并发处理能力，从而加快论文比对速度。同时，定期监测系统运行情况，及时发现并解决系统瓶颈，进一步优化系统性能。综上所述，通过硬件升级、算法优化、参数设置、系统架构规划等多方面的方法，可以有效提高万方查重系统论文比对速度。